Исследователи Йеля описали метод Epi-PHR для совместного картирования 3D-генома и эпигенетических меток в одиночных клетках

Что произошло

• В исследовании, опубликованном в Nature Methods, описан новый метод Epi-PHR, разработанный исследователями Медицинской школы Йельского университета для профилирования эпигенетических меток и 3D-генома в одиночных клетках с высоким разрешением.
• Метод был вдохновлён техникой, разработанной исследователями в Швеции в 2015 году для изучения белок-белковых взаимодействий, и использует две молекулы в форме шпильки, предназначенные для связывания либо эпигенетической метки, либо интересующего гена.
• Команда сообщает, что метод может профилировать сотни генетических участков в одной клетке, одновременно обнаруживая различные эпигенетические метки.
• В тесте на срезе ткани гиппокампа метод выявил градиент эпигенетических и 3D-структур у нейронов и других клеток.
• Авторы утверждают, что текущая передовая техника картирования эпигенетических меток на уровне одиночных клеток в процессе разрушает укладку ДНК, чего новый метод призван избежать.
• Исследование цитируется как Yanbo Chen et al., "Nondisruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells," Nature Methods (2026), DOI: 10.1038/s41592-026-03253-0.

Почему важно

Метод, который считывает эпигенетические метки и 3D-укладку ДНК в одной и той же одиночной клетке, может дать исследователям более полное представление о том, как структура генома связана с активностью генов и заболеваниями.

Что неизвестно

В источнике не сообщается о точности, ограничениях пропускной способности, стоимости или сравнительных бенчмарках с существующими методами для одиночных клеток. Тест на гиппокампе описан как демонстрация, а не клиническая или диагностическая валидация. Предположение о том, что метод может способствовать разработке методов лечения генетических заболеваний, высказано как будущая возможность, а не продемонстрированный результат.